VKB-SIM

При использовании заводских настроек джойстика Gunfighter Pro MkII MCG Pro, индикатор stikc на blackbox, горит зелёным цветом. После изменений настройки рычага тормоза с оси на кнопки, индикатор моргает красным цветом. Это нормально?

Вполне.
Вот здесь https://yadi.sk/i/hOFsTdjHBWqfsA можно посмотреть о настройке индикации. Посмотрите на какое событие срабатывает светодиод.